一、办公室

负责机关政务工作；负责文秘、信息、议案、建议、提案和信访、档案、保密、接待联络工作以及重要会议组织工作；负责组织起草年度工作计划；负责重要文件和会议决定事项的督查工作。

二、项目管理科

负责拟定全县水库移民扶持发展战略、中长期规划和年度计划；负责组织编制大中小型水库移民扶持建设项目建议书和可行性报告并承办审查工作。

三、综合科

负责局机关和各项工程财务管理；负责工程资金筹资及拨付、结算工作；负责水库移民扶持工程财务预、决算编制工作；负责全局各项资金年终结算及财务档案保管工作；负责财务统计工作及编报全县移民综合统计年报和基本建设统计年报、月报工作；负责建立移民审计工作规章制度；负责全县水库移民扶持建设项目财务管理审计；负责系统内财务审计人员业务学习和培训工作；负责发放水库移民直补款项。