近年来，内控制度审计在行政事业单位审计工作中越来越重要，它既是审计工作的先导又是审计行政事业单位账务的基础，它贯穿于行政事业单位财务审计的始终。但是在审计过程中依然发现有些单位的内控制度还存在一些问题：
1、内部控制意识不强。目前，部分行政事业单位员工根本不了解内部控制的含义，也不知道内部控制制度具体包括哪些内容。单位也不开展内部控制制度方面的业务培训，没有将内部控制有效实施情况纳入单位内部相关部门及分管领导考核评价体系。没有建立内部监督机制，对经济活动的重要环节未开展定期或不定期检查，也没有对内部控制运行情况进行有效评价，对审计等相关部门发现的问题不及时按要求进行整改。
2、会计基础管理存在漏洞。部分行政事业单位不相容职责未分离，相互制约关系失效，监督机制不健全。有的单位出纳人员没有从业资格证书，入职2年还设有取得上岗证。财务部门与业务部门沟通协调不到位，支出流程和审核、审批不严密，资产管理、交接、领用记载不清，没有形成有效的监督制约机制。
3、管理制度不健全或执行不力。有的行政事业单位管理制度不健全或多年未修改更新，与现代管理制度严重脱节或者没有形成适合自己的独立制度。有的单位制定的制度规定形式化，相关制度写在纸上，贴在墙上，装在档案里，敷衍了事以应付上级检查，有的制度竟然没有落款时间，没有印章，实施日期无从查起，制度行同虚设。有的单位制度教条化，条款生搬硬套，不符合自身特点，操作性差。
4、资产管理有待进一步加强。有的单位采购业务不合规，资产管理的各项机制不健全，很薄弱，固定资产清查盘点不及时，没有建立“一物一卡”资产使用台账，对清查出账实不符问题没有及时进行账务处理或长期不入固定资产账，造成资产使用、保管动态管理责任不清。员工退休或离岗没有办理资产移交的书面记录。建设项目的立项、概预算编制和招标不合规，记录不全面，设项目竣工决算审计过程没有盘点实物资产，没有按规定办理资产移交。
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